A comienzos de 1997, Pekerman lo convocó a la selección argentina sub-20 con motivo del Campeonato Sudamericano Sub-20 realizado en Chile. Luego, participó de la Copa Mundial Sub-20 realizada en Malasia. El 5 de julio de 1997, Argentina se consagró campeón tras vencer a Uruguay 2-1. Riquelme fue el capitán del equipo en la final, y finalizó el torneo con 4 goles en 7 partidos, camiseta de inglaterra convirtiéndose en gran figura del certamen.
